2031年，因維人（Invid）抵達飽經磨難的地球，宣布他們對史前能量擁有占有權。這個強大而善戰的外星種族武裝力量對地球守備軍發起了摧枯拉朽般的攻勢，在消滅了一切抵抗力量后，占領了地球。 得到消息的瑞克·卡特命令遠征軍（Robotech Expeditionary Force）艦隊回航，于是龐大的船團開始轉向。在主力艦隊到達之前，已有數批先遣隊搶先對因維人發動了攻擊，然而等待他們的卻只有恐怖和毀滅，因維軍隊輕而易舉就使先遣隊全軍覆沒。 占領地球的因維人幾乎已到達進化的頂點。他們可以根據環境的需要，隨意改變自己的形象和身體組成，甚至可以憑借自身的意志，將身體在物質態和能量態間自由轉化。但具有諷刺意味的是，他們對史前能量的依賴性是最強的，表面上強大的適應能力被這致命的弱點牢牢束縛著，而擁有生命之花、作為“宇宙中已知最后一塊史前能量聚集地”的地球，也就自然而然成為了它們的目標。 此時的人類雖然早已進入了星際殖民時代，但無論是在外星殖民地，還是遙遠空間中行進的船團里，所有的人都把地球當做是他們的故鄉。在他們的心目中，地球已經成為了一塊圣地，是人類文明的象征。一方是為了奪回精神寄托，另一方則誓死要守衛最后的生存空間。于是在太陽系第三行星上，又一次發生了兩個文明之間的激烈碰撞。 遠征軍先遣隊的幸存者之一斯科特·博納德在軍隊全滅的絕望中遇到了其他5名地球上的自由抵抗者。危難中他們團結一心，組成了活躍在敵人后方的游擊隊，在遠征軍對敵作戰的同時與外星武裝進行長年周旋。 漫長的戰斗歲月里，游擊小隊先后遇到了兩位以人類形式出現的因維族女性。斯科特與愛麗爾、蘭瑟與希拉的愛情使因維女王瑞吉斯深感人類情感與文明對她族人的威脅，而日益枯竭的史前能量以及陸續回航的遠征軍，都使她感到地球不再是適宜種族進化的久留之地。 第三次宇宙大戰的結局，再次以人類的勝利而告終，因維人在瑞吉斯的帶領下，向茫茫宇宙的深處飛去，少數人則留下來，積極地融入了人類社會中。人類與外星人成功的結合再次證實了貫穿系列的主題：“愛能戰勝一切”。 千千萬萬的幸存者從廢墟中站起來，重新建造新的家園。太空堡壘時代的歷史到此告一段落。也許在今后的日子里，人類還將面臨更大的挑戰，也許終有一天，人類文明也會步向終結，但只要還有美麗的歌聲，只要還有愛，這個宇宙就永遠不會寂寞。 在移民船團回航的途中，暗影堡壘III號(Shadow Dimensional Fortress Three)失蹤了，沒人知道它去向了茫茫宇宙的哪一個角落……